128のフィジカル入出力、各チャンネル8つのインサート、64のFXセンド、256のグループ/バス、そしてオーディオチャンネル、バス、グループ、 FX リターン間の無限のルーティング機能により、Cubase 5 は複雑なレコーディングセットアップにも完全に対応します。大規模なプロジェクトでも、システム全体に渡るレイテンシー補正機能がすべてのオーディオスト リームを自動的に同期させます。

Cubase Studio は、プロジェクト内でオーディオを自由にルーティングできます。バスの順番に関係なく無制限にグループチャンネル間、グループから FX リターン、そして FX リターンからグループチャンネルへのルーティングが可能です。更にオーディオトラックからは、プリフェーダー センドを使ってシグナルをグループや FX リターンへ送信するだけでなく、シグナルを出力タブからグループチャンネルや FX リターンへポストフェーダーで送信することもできます。

Cubase Studio 5 に付属する VST3 プラグインの殆どがサイドチェーン入力対応です。「フリー ルーティング」アーキテクチャー（次項）によって、VST ミキサー上のほぼすべてのシグナルをサイドチェーン入力シグナルとして使用することができます。サイドチェーンは、ダッキング（オーディオソースによって コントロールされたコンプレッション）などの、オーディオ信号を使ってコントロールするエフェクトにとって非常に重要な機能で、対応プラグインにはそれぞ れのサイドチェーン コントロール機能があらかじめ組み込まれています。サイドチェーン シグナルは、コンプレッサーなどのダイナミクス プラグインではシグナルゲインを、モジュレーション エフェクトでは LFO をコントロールします。